液压系统结构虽然复杂但是其稳定性比其他动力源要好很多，架柱式探水钻机搬运以及拆卸一次都很不容易，对稳定性要求很高，因此液压系统在架柱式探水钻机中的应用非常重要。
架柱式液压探水钻机的液压系统工作压力高达16 MPa，钻机采用一机双泵液压系统，其工作原理如下：电动机启动, 带动双联齿轮泵旋转，输出两种不同压力的高压油进入操作台、操作台由六组手动换向阀和两个单向阀组成，每个阀可以独立操作。可实现液压马达正反转，推进油缸的往复，顶紧油缸顶紧松开，托钎器、变速箱加紧缸的加紧。
架柱式液压探水钻机液压系统的工作介质采用矿物油，工作油温不得超过65℃。为防止因使用矿物油引起火灾，严禁液压系统在渗漏状态下工作；对泄漏在井下工作场所的矿物油，应及时处理或掩埋。且辅助液压泵站采用矿物油介质，不应在采空区等场所使用。
